Clasificaciones y definiciones de las variantes del SARS-CoV-2

Clasificaciones y definiciones de las variantes del SARS-CoV-2
Actualizado el 1 de sep. del 2023

Lo que necesita saber

  • Los virus como el SARS-CoV-2 evolucionan constantemente a medida que se producen cambios en el código genético (provocados por las mutaciones genéticas o la recombinación viral) durante la replicación del genoma.
  • El SARS-CoV-2 ha mutado constantemente durante el transcurso de la pandemia, lo que dio como resultado variantes que son diferentes del virus SARS-CoV-2 original.
  • Durante toda la pandemia de COVID-19, se detectaron muchas variantes del SARS-CoV-2 en los Estados Unidos y el resto del mundo.
  • Los científicos utilizan diferentes sistemas de clasificación para describir y comunicar las similitudes y diferencias entre los virus SARS-CoV-2.

Definiciones clave

  • Mutación: una mutación se refiere a un cambio único en el genoma del virus (código genético). Las mutaciones ocurren con frecuencia, pero solo a veces modifican las características del virus.
  • Linaje: un linaje es un grupo de virus estrechamente relacionados con un ancestro en común. El SARS-CoV-2 tiene muchos linajes; todos causan el COVID-19.
  • Sublinaje: término utilizado para definir un linaje en relación con un descendiente directo de su linaje de origen. Por ejemplo, BA.2.75 es un sublinaje de BA.2.
  • Variante: una variante es un genoma viral (código genético) que puede incluir una o más mutaciones. En algunos casos, un linaje o grupo de linajes con cambios genéticos similares puede ser designado por la Organización Mundial de la Salud (OMS) o el Grupo Interagencial del SARS-CoV-2 (SIG) de los EE. UU. como una variante de interés (VOI, por sus siglas en inglés), una variante de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés), una variante de gran consecuencia (VOHC, por sus siglas en inglés) o una variante bajo monitoreo (VBM, por sus siglas en inglés) debido a atributos y características compartidas que pueden requerir medidas de salud pública.
  • Recombinación: proceso en el que los genomas de dos variantes del SARS-CoV-2 se combinan durante el proceso de replicación viral para formar una nueva variante que es diferente de los dos linajes de origen. Esto puede ocurrir cuando una persona se infecta por dos variantes al mismo tiempo. El linaje resultante de la recombinación se denomina "recombinante".

Tipos de clasificación

Hay muchas formas en que se clasifican los virus del SARS-CoV-2. Cada tipo de clasificación puede ser adecuada en función del contexto en el que se comunica el SARS-CoV-2. A menudo se habla del SARS-CoV-2 en el contexto de los linajes (y sublinajes). El sistema de clasificación de linajes más utilizado es el Pango. Nextclade también puede utilizarse en este contexto. En un contexto más amplio, la Organización Mundial de la Salud (OMS) puede clasificar los linajes o grupos de linajes relacionados mediante el uso de letras griegas (como ómicron). Estos métodos de clasificación permiten que los científicos puedan comunicar las similitudes y diferencias entre los virus SARS-CoV-2.

Clasificación de variantes

El Departamento de Salud y Servicios Humanos (HHS) de los EE. UU. estableció un Grupo Interagencial por el SARS-CoV-2 (SIG) para mejorar la coordinación entre los CDC, los Institutos Nacionales de la Salud (NIH), la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA), la Autoridad de Investigación Biomédica Avanzada y de Desarrollo (BARDA) y el Departamento de Defensa (DoD). Este grupo interagencial caracteriza las variantes emergentes y monitorea su posible impacto en las vacunas, los tratamientos y el diagnóstico.

El SIG se reúne con frecuencia para evaluar las variantes y los linajes del SARS-CoV-2 en circulación en los Estados Unidos y publicar recomendaciones acerca de la clasificación de las variantes y los linajes. Un grupo de expertos evalúa los datos disponibles sobre la proporción de variantes a nivel nacional y regional. Esta información se comparte con los funcionarios locales y estatales de salud pública para colaborar en la toma de decisiones a la hora de elaborar guías para la comunidad. También evalúan cómo estos cambios pueden afectar las vacunas, los tratamientos y el diagnóstico, además de la transmisión y gravedad de la enfermedad. Es posible que se reclasifiquen las variantes a medida que se cuenta con más información.

El SIG ha actualizado su sistema de clasificación y definiciones de trabajo para las variantes del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, para reflejar mejor el panorama actual en torno a la variantes. El sistema anterior clasificaba todos los sublinajes de ómicron como parte de la VOC ómicron y, por consiguiente, no permitía distinguir los nuevos linajes descendientes con características fenotípicas alteradas para compararlos con los linajes originales de ómicron (BA.1, BA.2). Estas actualizaciones a la clasificación permiten una evaluación y rastreo independientes de los sublinajes de ómicron y de próximas variantes nuevas cuando es necesario.

El SIG utiliza cuatro tipos de clasificaciones:

  • Variante de gran consecuencia (VOHC)
  • Variante de preocupación (VOC)
  • Variante de interés (VOI)
  • Variantes bajo monitoreo (VBM)

Notas: Todas las clasificaciones de variantes incluyen los posibles atributos de las clases más bajas (por ejemplo, la VOC incluye posibles atributos de la VOI). Esta página se actualizará según sea necesario para mostrar las variantes que pertenecen a cada clase. Las clasificaciones estadounidenses pueden diferir de las de la OMS porque el impacto de las variantes puede ser distinto en cada lugar. Las nomenclaturas asignadas a cada variante se pueden ver en la tabla Lista de variantes.

Sistema del linaje Pango

El sistema de linaje Pango es jerárquico, como un árbol genealógico.​​​​​​​ Los linajes son evolutivamente descendientes de un linaje "padre" o linaje de origen.​​​​​​​ Un linaje puede describirse como "sublinaje" cuando se habla de él en relación con su linaje de origen.

Los linajes se nombran mediante prefijos alfabéticos (como B o BA) y sufijos numéricos (como ".1" o ".1.1.5"). Cuando se define un nuevo linaje, el sistema Pango asigna un número adicional al nombre de su linaje de origen (p. ej., BA.2.75 es un sublinaje de BA.2). A medida que el virus sigue cambiando, los nombres del linaje Pango pueden volverse muy largos. A los linajes con nombres más largos se les puede asignar alias alfabéticos y la numeración continúa (p. ej., "BA" significa "B.1.1.529", por lo tanto BA.2 es lo mismo que B.1.1.529.2).

Para obtener más información sobre el sistema del linaje Pango y su nomenclatura, vea la Pango Network. Para acceder a una lista completa de los linajes Pango actuales, vea cov-lineages.org.

Nextclade

Nextclade es una herramienta que se utiliza para clasificar las secuencias del SARS-CoV-2 en función de su relación genética. A las ramas potencialmente importantes del árbol genealógico del SARS-CoV-2 se les asignan nombres, lo que indica que los miembros de esa rama son un "clado" y se cree que surgen de un ancestro común.

Los miembros de un clado compartirán muchas características entre sí, lo que refleja su ascendencia común.​​​​​​​  Nextclade no asigna su propio clado a todos los virus SARS-CoV-2.​​​​​​​ Cada clado potencial debe circular con cierta frecuencia durante un periodo, mostrar un crecimiento constante en una región o recibir una clasificación de la OMS. El equipo de Nextclade detalla la rúbrica de designación de clados en esta publicación. Estas definiciones más amplias ofrecen una solución alternativa para la asignación de nombres que pretende reflejar las diferencias significativas en la biología o circulación.

Los nombres de los clados de Nextclade se componen del año de asignación de dos dígitos seguido de una letra que indica el orden de asignación dentro del año. Por ejemplo, "22A" es el primer clado designado en el 2022 y corresponde al grupo de linajes Pango que descienden del BA.4, el cual estaba en circulación a principios del 2022. Encontrará información más detallada sobre los distintos clados y su relación con los diferentes linajes Pango en covariants.org.

Recombinantes

Todos los coronavirus tienen el potencial de atravesar un proceso natural denominado "recombinación". Esto puede ocurrir cuando dos linajes diferentes infectan la misma célula en alguien al mismo tiempo. Este fenómeno poco frecuente puede afectar las características del virus, incluida su capacidad de propagarse, causar enfermedades graves o hacer que los tratamientos o las vacunas sean menos eficaces. En muchos casos, los virus recombinantes no tienen ventajas competitivas que los ayuden a desarrollarse.​​​​​​​

Los sistemas de vigilancia genómica de los CDC pueden detectar y monitorear de manera confiable la propagación de variantes, incluidas las recombinantes.​​​​​​​  Cuando efectivamente emerge una variante recombinante, los científicos de los CDC evalúan y monitorean la nueva variante recombinante como lo hacen con cualquier otro linaje de variante, lo que incluye cómo se la podría clasificar o cuándo se la debería incluir en el Rastreador de datos del COVID de los CDC.

Resumen de las clasificaciones de variantes

Lista de variantes

Nomenclatura de la OMS

Nomenclatura de la OMS

Nomenclatura de la OMS

Linaje Pango

Linaje Pango

Linaje Pango

Estado actual

Estado actual

Estado actual

Fecha de designación

Fecha de designación

Fecha de designación

No se aplica

Nomenclatura de la OMS

No se aplica

Variantes que contienen mutaciones de la proteína Spike F456L*

Linaje Pango

Variantes que contienen mutaciones de la proteína Spike F456L*

VOI

Estado actual

VOI

VOI: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VOI: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

BA.2.86

Linaje Pango

BA.2.86

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

XBB.1.9.1

Linaje Pango

XBB.1.9.1

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

XBB.1.9.2

Linaje Pango

XBB.1.9.2

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

XBB.2.3

Linaje Pango

XBB.2.3

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

XBB.1.16

Linaje Pango

XBB.1.16

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

XBB.1.5

Linaje Pango

XBB.1.5

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

CH.1.1

Linaje Pango

CH.1.1

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

ómicron

Nomenclatura de la OMS

ómicron

BA.2.74

Linaje Pango

BA.2.74

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 1 de septiembre del 2023

Fecha de designación

VBM: 1 de septiembre del 2023

Alfa

Nomenclatura de la OMS

Alfa

Linajes B.1.1.7 y Q

Linaje Pango

Linajes B.1.1.7 y Q

VBM

Estado actual

VBM

VOC: 29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOC: 29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Beta

Nomenclatura de la OMS

Beta

Linajes B.1.35 y descendientes

Linaje Pango

Linajes B.1.35 y descendientes

VBM

Estado actual

VBM

VOC:  29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOC:  29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Gamma

Nomenclatura de la OMS

Gamma

Linajes P.1 y descendientes

Linaje Pango

Linajes P.1 y descendientes

VBM

Estado actual

VBM

VOC:  29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOC:  29 de diciembre del 2020

VBM: 21 de septiembre del 2021

Delta

Nomenclatura de la OMS

Delta

Linajes B.1.617.2 y descendientes

Linaje Pango

Linajes B.1.617.2 y descendientes

VBM

Estado actual

VBM

VOC: 15 de junio del 2021

VBM: 14 de abril del 2022

Fecha de designación

VOC: 15 de junio del 2021

VBM: 14 de abril del 2022

Epsilon

Nomenclatura de la OMS

Epsilon

B.1.43 y
B.1.43

Linaje Pango

B.1.43 y
B.1.43

VBM

Estado actual

VBM

VOC:  19 de marzo del 2021

VOI:  26 de febrero del 2021

VOI: 29 de junio del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOC:  19 de marzo del 2021

VOI:  26 de febrero del 2021

VOI: 29 de junio del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Eta

Nomenclatura de la OMS

Eta

B.1.52

Linaje Pango

B.1.52

VBM

Estado actual

VBM

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Iota

Nomenclatura de la OMS

Iota

B.1.53

Linaje Pango

B.1.53

VBM

Estado actual

VBM

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Kappa

Nomenclatura de la OMS

Kappa

B.1.617.1

Linaje Pango

B.1.617.1

VBM

Estado actual

VBM

VOI: 7 de mayo del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOI: 7 de mayo del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

No se aplica

Nomenclatura de la OMS

No se aplica

B.1.617.3

Linaje Pango

B.1.617.3

VBM

Estado actual

VBM

VOI: 7 de mayo del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOI: 7 de mayo del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Ómicron (linajes originales)**

Nomenclatura de la OMS

Ómicron (linajes originales)**

Linajes B.1.1.529 y descendientes

Linaje Pango

Linajes B.1.1.529 y descendientes

VOC

Estado actual

VOC

VOC: 26 de noviembre del 2021

Fecha de designación

VOC: 26 de noviembre del 2021

Zeta

Nomenclatura de la OMS

Zeta

P.2

Linaje Pango

P.2

VBM

Estado actual

VBM

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VOI: 26 de febrero del 2021

VBM: 21 de septiembre del 2021

Mu

Nomenclatura de la OMS

Mu

B.1.621, B.1.621.1

Linaje Pango

B.1.621, B.1.621.1

VBM

Estado actual

VBM

VBM: 21 de septiembre del 2021

Fecha de designación

VBM: 21 de septiembre del 2021

* Muchos linajes han adquirido la mutación F456L y algunos ejemplos son EG.5, FL.1.5.1 y XBB.1.16.6.

** Los linajes originales de ómicron incluyen el BA.1 o similares.

Referencias