SPHERES

Consorcio nacional de genómica abierta para la respuesta al COVID-19

El programa de detección molecular avanzada (AMD) estableció la secuenciación del SARS-CoV-2 para la respuesta a la emergencia de salud pública, epidemiología y vigilancia (SPHERES, por sus siglas en inglés) para coordinar la secuenciación del SARS-CoV-2. La colaboración de SPHERES incluye a científicos de laboratorios clínicos y de salud pública, instituciones académicas y el sector privado. SPHERES reforzará las estrategias de mitigación del COVID-19. La rápida secuenciación genómica a gran escala permitirá que los expertos de salud pública puedan:

• Monitorear cambios importantes en el virus mientras continúa circulando
• Obtener datos importantes para respaldar el rastreo de contactos
• Proporcionar información crucial para ayudar en la identificación de objetivos terapéuticos y de diagnósticos
• Promover la investigación de salud pública en las áreas de la dinámica de transmisión, respuesta del organismo hospedador y evolución del virus

Visión general de SPHERES

El consorcio de SPHERES es liderado por el programa de detección molecular avanzada (AMD) de los CDC que, en los últimos nueve años ha invertido en laboratorios de salud pública federales, estatales y locales para ampliar el uso de genómica de patógenos y otras tecnologías de avanzada en análisis de laboratorio para fortalecer la vigilancia y respuesta a brotes de enfermedades infecciosas. SPHERES apunta a:

• Acelerar el uso de datos de secuencia de microbios patógenos en tiempo real y epidemiología molecular para la respuesta a la pandemia de COVID-19
• Organizar y administrar las iniciativas de secuenciación y respuesta de la salud pública en todos los Estados Unidos
• Coordinar y respaldar la secuenciación en laboratorios de salud pública estatales y locales de todo el país

• Mejorar la comunicación y el intercambio de conocimientos entre laboratorios estadounidenses
• Crear una guía consensuada sobre datos críticos y estándares de metadatos
• Reducir las barreras del análisis bioinformático y el intercambio de datos
• Mejorar la alineación de los requisitos de secuenciación y las necesidades de recursos con diferentes fuentes de financiación, tecnología, experiencia y otros medios de apoyo

El consorcio SPHERES incluye más de 60 laboratorios de salud pública federales, estatales, de condados y locales, varias corporaciones de diagnóstico clínico regionales y nacionales de gran envergadura, y líderes académicos y sin fines de lucro en las áreas de genómica de microbios patógenos, bioinformática y salud pública de todo el país. El consorcio alinea a laboratorios federales y agencias de salud pública con iniciativas internacionales de genómica, e involucra al sector privado en los esfuerzos para comprender mejor la genómica y los patrones de la transmisión del SARS-CoV-2 en todos los Estados Unidos.

Objetivos de SPHERES

Los 8 objetivos principales del consorcio SPHERES son:

1. Formar una red de laboratorios de secuenciación, capacidad de bioinformática y experiencia en la materia con la premisa de llevar adelante una iniciativa de secuenciación masiva y coordinada de salud pública
2. Identificar y priorizar capacidades y necesidades de recursos en toda la red, y alinear diversas fuentes de financiación y apoyo federales, no gubernamentales y del sector privado con áreas de gran impacto y necesidad
3. Mejorar la coordinación de la secuenciación genómica entre instituciones y jurisdicciones, y fomentar una mayor resiliencia en toda la red
4. Defender los conceptos de apertura, análisis basado en estándares e intercambio rápido de datos en todos los Estados Unidos y a nivel mundial durante la respuesta a la pandemia de COVID-19
5. Acelerar la generación y el intercambio de datos, incluida la rápida liberación de datos de secuenciación viral de alta calidad de laboratorios clínicos y de salud pública para que sean incorporados a los repositorios del Centro Nacional de Información Biotecnológica y de la Iniciativa Mundial de Intercambio de Datos sobre la Influenza (NCBI y GISAID, por sus siglas en inglés, respectivamente) casi en tiempo real
6. Proporcionar un foro común para que las instituciones públicas, privadas y académicas de los EE. UU. compartan protocolos, métodos, herramientas de bioinformática, estándares y mejores prácticas
7. Establecer estándares coherentes de datos y metadatos, incluidos procesos simplificados de envíos de repositorios, criterios de priorización de muestras y un marco general para identificadores de casos únicos compartidos que respeten la privacidad
8. Alinearse con otras redes nacionales de secuenciación y bioinformática, y apoyar las iniciativas internacionales para promover el uso de estándares y datos abiertos en la salud pública