Lo que necesita saber
Los CDC secuenciaron los virus de la influenza (gripe) en las muestras recolectadas del paciente de Luisiana que se infectó y enfermó gravemente con el virus A(H5N1) de la HPAI (Forma altamente patógena de la influenza aviar). Las secuencias genómicas se compararon con otras secuencias de A(H5N1) de la HPAI de vacas lecheras, aves silvestres y aves de corral, así como con casos en seres humanos anteriores, y se identificaron como el genotipo D1.1. El análisis identificó mutaciones de baja frecuencia en el gen de la hemaglutinina de una muestra secuenciada del paciente, que no se encontraron en secuencias de virus de muestras de aves de corral recolectadas en la propiedad del paciente; esto sugiere que los cambios surgieron en el paciente después de la infección.

Antecedentes
Este es un resumen técnico de un análisis de las secuencias genómicas de los virus identificados en dos muestras de las vías respiratorias superiores del paciente gravemente enfermo por una infección con el virus de la forma altamente patógena de la influenza aviar (HPAI) A(H5N1) en Luisiana. El paciente se infectó con el virus A(H5N1) del genotipo D1.1, que está estrechamente relacionado con otros virus D1.1 detectados recientemente en aves silvestres y aves de corral en los Estados Unidos y en casos en seres humanos ocurridos recientemente en Columbia Británica, en Canadá, y el estado de Washington. Este genotipo del virus de la influenza aviar A(H5N1) es diferente del genotipo B3.13 que se está propagando ampliamente y está causando brotes en vacas lecheras, aves de corral y otros animales, con casos en seres humanos esporádicos en los Estados Unidos. Se realizó una secuenciación profunda de las secuencias genéticas de dos muestras clínicas del paciente de Luisiana para buscar cambios asociados a la adaptación a los mamíferos. Había algunos cambios de baja frecuencia en el segmento del gen de la hemaglutinina (HA) de una de las muestras que son raros en las personas, pero que se notificaron en casos anteriores de A(H5N1) en otros países y con mayor frecuencia durante infecciones graves. Uno de los cambios encontrados también se identificó en una muestra recolectada del caso humano con enfermedad grave detectado en Columbia Británica, Canadá, lo que sugiere que aparecieron durante el curso clínico a medida que el virus se replicaba en el paciente. El análisis de los genes N1 neuraminidasa (NA), matriz (M) y ácido polimerasa (PA) de las muestras no mostró cambios asociados con marcadores conocidos o sospechosos de susceptibilidad reducida a los medicamentos antivirales.
Actualización de los CDC
26 de diciembre del 2024 - Los CDC secuenciaron los virus de la influenza aviar de la HPAI A(H5N1) en dos muestras respiratorias recolectadas del paciente de Luisiana que estaba gravemente enfermo por una infección del virus A(H5N1). Los CDC recibieron dos muestras recolectadas al mismo tiempo del paciente mientras estaba hospitalizado por una enfermedad respiratoria grave: una muestra nasofaríngea y una muestra combinada nasofaríngea/orofaríngea. Los intentos iniciales de secuenciar el virus a partir de las muestras respiratorias clínicas del paciente utilizando técnicas estándar de extracción de ARN y RTPCR multisegmento (M-RTPCR)1 solo arrojaron datos genómicos parciales, y el aislamiento del virus no tuvo éxito. Fue necesario el enriquecimiento de ácidos nucleicos para secuenciar genomas completos con una profundidad de cobertura suficiente para alcanzar los umbrales de calidad. Los CDC compararon los segmentos del gen de la influenza de cada muestra con las secuencias del virus A(H5N1) de vacas lecheras, aves silvestres, aves de corral y otros casos en seres humanos en los EE. UU. y Canadá. Los genomas del virus (A/Luisiana/12/2024) de cada muestra clínica están publicados en GISAID (EPI_ISL_19634827 y EPI_ISL_19634828) y GenBank (PQ809549-PQ809564).
Resumen de las mezclas de aminoácidos identificadas en la hemaglutinina (HA) de las muestras clínicas del paciente.
En general, las secuencias de hemaglutinina (HA) de las dos muestras clínicas estaban estrechamente relacionadas con las secuencias de HA detectadas en otros virus de genotipo D1.1, incluidos los virus secuenciados a partir de muestras recolectadas en noviembre y diciembre del 2024 en aves silvestres y aves de corral en Luisiana. Los genes HA de estos virus también estaban estrechamente relacionados con el virus de vacuna experimental (CVV) A/Ezo zorro rojo/Hokkaido/1/2022 con cambios de aminoácidos 2 o 3 detectados. Estos virus tienen, en promedio, 3 o 4 cambios de aminoácidos en la HA al compararlos directamente con la secuencia de CVV A/Astrakhan/3212/2020. Estos datos indican que los virus detectados en las muestras respiratorias de este paciente están estrechamente relacionados con los CVV existentes de HPAI A(H5N1) que ya están a disposición de los fabricantes, y que podrían utilizarse para fabricar vacunas si fuera necesario.
Se detectaron algunas diferencias entre las muestras nasofaríngea/orofaríngea y nasofaríngea. A pesar de la gran similitud de las secuencias D1.1 del caso humano de Luisiana con los virus aviares, el análisis profundo de la secuencia del segmento del gen HA de la muestra combinada nasofaríngea/orofaríngea detectó una baja frecuencia de nucleótidos mixtos correspondientes a residuos de aminoácidos notables (utilizando la numeración de secuencias HA maduras):
- A134A/V [alanina 88 %, valina 12 %];
- N182N/K [asparagina 65 %, lisina 35 %]; y
- E186E/D [ácido glutámico 92 %, ácido aspártico 8 %].
La muestra nasofaríngea, en particular, no presentaba estos cambios de baja frecuencia, lo que indica que podrían haberse detectado a partir del hisopado de la cavidad orofaríngea del paciente. Aunque estos cambios de baja frecuencia son raros en seres humanos, se notificaron en casos anteriores de A(H5N1) en otros países y la mayoría de las veces durante enfermedades graves2345. La mezcla E186E/D, por ejemplo, también se identificó en una muestra recolectada del caso humano grave detectado en Columbia Británica, Canadá67.
Este análisis resumido se centra en las detecciones de nucleótidos mixtos en los residuos A134V, N182K, E186D, ya que estos cambios pueden provocar una mayor unión del virus a los receptores celulares α2-6 que se encuentran en las vías respiratorias superiores de los seres humanos. Es importante señalar que estos cambios representan una pequeña proporción de la población total de virus identificada en la muestra analizada (es decir, el virus sigue manteniendo una mayoría de aminoácidos de origen "aviar" en los residuos asociados a la unión a receptor). Los cambios observados fueron generados probablemente por la replicación de este virus en el paciente con enfermedad avanzada, en lugar de ser transmitidos principalmente en el momento de la infección. La comparación de los datos de la secuencia de la influenza A(H5) de los virus identificados en aves silvestres y aves de corral en Luisiana, incluidas las aves de corral identificadas en la propiedad del paciente, y otras regiones de los Estados Unidos no identificó estos cambios. Es importante destacar que las secuencias del virus de las aves de corral de las que se tomaron muestras en la propiedad del paciente eran casi idénticas a las secuencias del virus del paciente, pero no tenían los nucleótidos mezclados identificados en la muestra clínica del paciente; esto sugiere claramente que los cambios surgieron durante la infección a medida que el virus se replicaba en el paciente. Aunque preocupantes, y como recordatorio de que los virus A(H5N1) pueden desarrollar cambios durante el curso clínico de una infección en seres humanos, estos cambios serían más preocupantes aún si se encontraran en hospedadores animales o en etapas tempranas de la infección (por ejemplo, a los pocos días de la aparición de los síntomas) cuando estos cambios podrían ser más propensos a facilitar la propagación a contactos cercanos. Particularmente, en este caso, no se identificó transmisión del paciente de Luisiana a otras personas. El Departamento de Salud Pública de Luisiana y los CDC colaboran para generar datos de secuencias adicionales a partir de muestras secuenciales de pacientes, con el fin de facilitar nuevos análisis genéticos y virológicos.
Análisis genómico adicional
Las secuencias genéticas de los virus A(H5N1) del paciente de Luisiana no presentaban el cambio PB2 E627K u otros cambios en los genes de la polimerasa asociados a la adaptación a los mamíferos, y no había indicios de cambios de baja frecuencia en posiciones críticas. Y, al igual que otros virus de genotipo D1.1 encontrados en aves, las secuencias carecen de PB2 M631L, que está asociado a la adaptación viral a hospedadores mamíferos y que se detectó en >99 % de las secuencias de vacas lecheras, pero solo se encuentra esporádicamente en aves. El análisis de los genes N1 neuraminidasa (NA), matriz (M) y ácido polimerasa (PA) de las muestras no mostró cambios asociados con marcadores conocidos o sospechosos de susceptibilidad reducida a los medicamentos antivirales. El resto de las secuencias genéticas de A/Luisiana/12/2024 estaban estrechamente relacionadas con secuencias detectadas en virus de genotipo D1.1 de aves silvestres y aves de corral, incluidas las aves de corral identificadas en la propiedad del paciente, lo que aporta más pruebas de que el caso humano se infectó muy posiblemente tras la exposición a aves infectadas con virus de genotipo D1.1.
Acciones de seguimiento
En conjunto, los CDC consideran que el riesgo para el público en general asociado al brote en curso de la HPAI A(H5N1) en los EE. UU. no cambió y sigue siendo bajo. La detección de un caso humano grave con cambios genéticos en una muestra clínica subraya la importancia de la vigilancia genómica en curso en personas y animales, la contención de los brotes de influenza aviar A(H5) en ganado lechero y aves de corral, y las medidas preventivas entre las personas con exposición a animales o entornos infectados.
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- H5N1 bird flu virus in Canadian teenager displays mutations demonstrating virus’ risk. https://www.statnews.com/2024/11/18/bird-flu-pandemic-h5n1-virus-mutations-canada-genomic-analysis/